Admirador de Virgili i de Ciceró, va ser un humanista que va prendre l'home i encara més ell mateix, com a objectiu d'estudi al seu principal treball, Els Assajos, començats a partir de 1571, quan tenia 37 anys. Hi anuncia: "Vull ser vist de manera simple, natural i ordinària, sense contenció i sense artifici, ja que sóc jo això que pinte". (Advertiment al lector). El projecte de Montaigne també era llevar les màscares, superar els artificis per a desvetllar el jo en la seua nuesa essencial.
Treball sense precedents per la seua sinceritat i la seua sabor personal, Els Assajos són l'obra d'un escèptic per a qui cal bandejar les doctrines massa rígides i les certeses cegues. La seua influència ha estat colossal, tant en la literatura francesa, com en l'occidental i la universal.
L'escriptura de Montaigne és alegre i lliure, va d'un pensament a un altre, a salts i a gambades. Les seues consideracions són sempre apuntalades amb citacions dels clàssics grecs i llatins. Ho explica dient que és inútil tornar a dir pitjor allò que un altre abans que ell ha aconseguit de dir millor. Preocupat per evitar la pedanteria, evita també de recordar a cada vegada l'autor o l'obra esmentada, coneguts, tanmateix, a l'època. Els anotadors futurs de la seua obra ja se n'encarregaran.
Declara que el seu fi és descriure l'home i, particularment, ell mateix (...) (ja que) trobem tanta diferència entre nosaltres i nosaltres mateixos que entre nosaltres i un altre. Creu que la variabilitat i la inconstància són dues de les seues característiques principals. No he vist, diu, cap monstre o miracle més gran que jo mateix. Descriu la seua pobra memòria, la capacitat que té d'arreglar conflictes sense implicar-s'hi emocionalment, la repugnància pels homes que busquen la fama i els seus intents per deslligar-se de les coses del món per preparar-se per a la mort. La seua cèlebre divisa Què sé? (Que sais-je?) és el punt de partença de tot el seu astorament filosòfic.
Mostra la seua aversió per la violència i pels conflictes fratricides entre catòlics i protestants (també, però, entre güelfs i gibelins) que havien començat a matar-se els uns als altres amb l'aparició del Renaixement, decebent així l'esperança que els humanistes hi havien fonamentat. Per a Montaigne cal evitar la reducció de la complexitat a una mera oposició entre dos, a l'obligació de triar un camp. Cal privilegiar la retirada escèptica com a resposta al fanatisme. El 1942 Stefan Zweig va dir d'ell: Que malgrat la seua lucidesa infal·lible, malgrat la pietat que el trasbalsava fins al fons de la seua ànima, i va haver d'assistir a aquella espantosa recaiguda de l'Humanisme en la bestialitat, a un dels accessos esporàdics de bogeria que agafen a la humanitat de tant en tant (...) Aquesta és la gran tragèdia de Montaigne. Els humanistes havien cregut trobar el Jardí de l'Edèn al Nou Món. Montaigne deplora que la conquesta d'aquest aporte patiments a aquells que tracten de reduir a l'esclavitud. Vils victòries. Ell s'horroritzava més per la tortura que els seus semblants infligien a éssers vius que no pel canibalisme dels americans anomenats salvatges als qui, fins i tot, admirava pel privilegi que donaven als seus caps d'anar davant a les guerres.
Com molts dels homes dels seus temps (Erasme, Tomàs Moro, Guillem Budé) Montaigne va ser un relativista cultural. Reconeixia que les lleis, les morals i les religions de les diverses cultures, tot i que sovint eren molt diferents i allunyades, tenen totes algun fonament. L'assaig on s'explica això, De no canviar fàcilment una llei rebuda (« De ne changer aisément une loi reçue »), constitueix un dels capítols més incisius dels Assajos. Per damunt de tot, però, Montaigne és un gran partidari de l’Humanisme. Si bé creu en Déu, es nega a qualsevol especulació sobre la seua naturalesa i per a que el jo es mostre amb totes les seus contradiccions i variacions, pensa que cal despullar-lo de les creences i els prejudicis l'entrebanquen. Els seus escrits estan marcats per un pessimisme i un escepticisme estranys en el Renaixement. Esmentant el cas de Martin Guerre, pensa que la Humanitat mai no pot assolir la certesa i rebutja les proposicions absolutes i generals. On millor es véu aquest escepticisme és al llarg assaig Apologia de Ramon Sibiuda (Apologie de Raymond Sebond), capítol 12, llibre 2, que sovint ha estat publicat apart dels Assajos. Per a ell no podem creure els nostres raonaments, ja que els pensaments ens apareixen sense acte de volició: sense el nostre control. No tenim raó per sentir-nos superiors als animals. Els nostres ulls no perceben sinó mitjançant el nostre coneixement: Si demaneu a la filosofia de què està fet el Sol, què us respondrà sinó que de ferro o, amb Anaxàgores, de pedra, o d'algun material del nostre ús? Si un dia a la natura li plagués d'obrir-nos el seu si i de fer-nos veure netament els mitjans i la conducta dels seus moviments i de preparar-hi els nostres ulls. Oh, Déu meu! Quins abusos i quins descontents no trobaríem en la nostra pobra ciència. Considera el matrimoni una necessitat per permetre l'educació dels fills, però pensa que l'amor romàntic és un atemptat a la llibertat de l'individu: El matrimoni és una gàbia; els ocells de fora es desesperen per entrar-hi, els de dins per eixir-ne. Al capdavall, en educació propugnava l'entrada en el saber pels exemples concrets i l'experiència, més que no pels coneixements abstractes acceptats sense cap crítica. Ell, però, es rebutja com a guia espiritual, com a maître à penser, no té cap filosofia que fer prevaler i es considera només un company d'aquell que enceta una recerca d'identitat. La llibertat de pensar no és posada com a model, ni com a patró, només ofereix als homes la possibilitat de fer emergir en ells aquesta llibertat, el poder de pensar i d'assumir-se fins la darrera de les llibertats: Aquell qui ensenye els homes a morir, els ensenyarà a viure.
